Istorija Muzeja u Brčko distriktu seže još u 1981. godinu, kada se u okviru Galerije „Rizah Štetić“ pojavila ideja o formiranju prve arheološke postavke. Ideja je realizovana u decembru 1982. godine, te je otvorena prva izložba „Arheološki nalazi na području Brčkog i okoline“. Nedugo zatim, u aprilu 1986. godine Centar za kulturu i obrazovanje odaslih RJ Radnički Univerzitet „Pero Ćuskić“ otvara stalnu postavku pod nazivom „Arheološko-etnografska prošlost Brčkog sa okolinom“. Ovakav tip muzejske djelatnosti je djelovao sve do devedesetih godina 20. stoljeća.
Nakon osnivanja Brčko distrikta nije postojala tendencija za otvaranjem novih muzejskih prostorija. Materijal koji je bio sastavni dio postavke iz 80tih i 90tih godina, ostao je zapečaćen u prostorijama u Vijećnici u Brčkom, a potom u zgradi Šipada. U toku 2017. godine u okviru Odjeljenja za privredni razvoj sport i kulturu, Pododjeljenja za sport, kulturu i turizam, osnovana je Etno-arheološka zbirka Muzej.
Etno-arheološka zbirka Muzej se nalazi u zgradi „Šipada“ i trenutno djeluje u okviru Vladinog pododjeljenja za turizam, kulturu i sport. U toku 2018. godine otvorena je i prva privremena izložba pod nazivom „Od sjemena do platna“ i zvanično označila početak rada Muzeja za posjetitelje. U toku godine vršena su rekognosciranja terena, nabavka materijala od građana, inventarisanje starog i novog materijala kao i konzervatorsko-restauratorski radovi. U februaru 2019. godine upriličeni su Dani kineske kulture u Muzeju Brčko distrikta, te je izložba bila otvorena za posjetitelje mjesec dana. U toku ljetnih mjeseci u Muzeju su bili izloženi eksponati u okviru gostujuće izložbe „Nemanjići-rađanje kraljevine“ koja je privukla veliki broj zainteresovanih građana. Nedugo zatim, Muzej je pružio priliku za postavljanje Izložbe „Novi život starog hrasta“ autora Ive Jelušića. Grđani su imali priliku vidjeti replike keramičkih zdjela kostolačke kulture napravljenih od abonosa.
U toku jula 2021. godine otvorena je i prva prirodnjačka izložba u Muzeju Brčko distikta. Riječ je bila o prirodnjačkoj postavci vezanoj za fosile i skeletne ostatke izumrlih životinja koje su živjele u Ledenom dobu. U okviru Noći Muzeja 2022. godine u Muzeju je otvorena etnološka postavka pod nazivom „Od sjemena do sofre“. Izložba je izazvala veliku zainteresovansot osnovnih i srednjih škola sa prostora Brčkog. Izložba je i trenutno otvorena u muzeju, te posjetitelji imaju priliku da je posjete svakim radnim danom.
Pored trenutne izložbe, Muzej sprovodi i ostale aktivnosti. Među njima se mogu izdvojiti radionice za djecu, organizovane za Noć Muzeja, Ljetna škola arheologije itd. Pored toga,u toku mjeseca marta Muzej je sproveo i projekat „Arheologija u službi turizma“ zajedno sa učenicima Ekonomske škole-smjer Turistički tehničari.
Pored svih navedenih djelatnosti, Muzej sprovodi i ativnosti pripreme stalne postavke, koja podrazumijeva nabavku i pripremu materijala, rekognosciranje terena i regisrovanje novih lokaliteta. Pored toga, u okviru svojih djelatnosti organizuje i promocije naučnih izdanja iz oblasti historije i arheologije.
