Povijest Muzeja Brčko Distrikta seže u 1981. godinu. godine, kada se javila ideja o formiranju prve arheološke izložbe u okviru Galerije “Rizah Štetić”. Ideja je realizirana u prosincu 1982. godine. godine, a otvorena je prva izložba „Arheološka nalazišta na području Brčkog i okoline“. Nedugo zatim, u travnju 1986. 2008. godine Centar za kulturu i obrazovanje povratnika RJ Radničkog sveučilišta „Pero Ćuskić“ otvara stalnu postavku pod nazivom „Arheološko-etnografska prošlost Brčkog i okolice“. Ova vrsta muzejske djelatnosti djelovala je do 1990-ih godina. stoljeća.
Nakon uspostave Distrikta Brčko nije bilo tendencija otvaranja novih muzejskih prostora. Materijal, koji je bio sastavni dio postava iz 80-ih i 90-ih godina, ostao je zapečaćen u prostorijama Vijećnice u Brčkom, a potom i u zgradi Šipada. Tijekom 2017. god Etno-arheološka zbirka Muzej je osnovan u okviru Odjela za gospodarski razvoj, sport i kulturu, Pododjela za sport, kulturu i turizam.
Etno-arheološka zbirka Muzej je smješten u zgradi “Šipada” i trenutno djeluje u okviru Pododjeljenja Vlade RH za turizam, kulturu i sport. Tijekom 2018.g Otvorena je prva povremena izložba pod nazivom „Od sjemena do platna“ koja je službeno označila početak rada Muzeja za posjetitelje. Tijekom godine obavljena su rekognosciranja terena, nabava građe od građana, inventarizacija stare i nove građe te konzervatorsko-restauratorski radovi. U veljači 2019 U Muzeju Brčko distrikta održani su Dani kineske kulture, a izložba je bila otvorena za posjetitelje mjesec dana. Tijekom ljetnih mjeseci u Muzeju su bili izloženi eksponati u sklopu gostujuće izložbe „Nemanjići – rađanje kraljevstva“ koja je privukla veliki broj zainteresiranih građana. Nedugo zatim Muzej je omogućio postavljanje izložbe “Novi život starog hrasta” Ive Jelušića. Građani su imali priliku vidjeti replike keramičkih zdjela kostolačke kulture izrađene od abonosa.
Tijekom srpnja 2021 U Muzeju Brčko Distrikta otvorena je prva prirodoslovna izložba. Radilo se o prirodoslovnoj izložbi vezanoj uz fosile i ostatke kostura izumrlih životinja koje su živjele u ledenom dobu. U sklopu Noći muzeja 2022. Muzej je 2008. godine otvorio etnološku postavku pod nazivom „Od sjemena do sofre“. Izložba je izazvala veliko zanimanje osnovnih i srednjih škola s područja Brčkog. Izložba je trenutno otvorena u muzeju, a posjetitelji je imaju priliku razgledati svaki radni dan.
Uz aktualni postav, Muzej obavlja i druge aktivnosti. Među njima izdvajamo radionice za djecu, organizirane za Noć muzeja, Ljetnu školu arheologije i dr. Također, tijekom mjeseca ožujka Muzej je provodio projekt „Arheologija u službi turizma“ zajedno s učenicima Ekonomske škole, smjer turistički tehničar.
Uz sve navedene poslove, Muzej obavlja i poslove pripreme stalnog postava koji obuhvaćaju nabavu i pripremu građe, rekognosciranje terena i evidentiranje novih lokacija. Osim toga, u sklopu svoje djelatnosti organizira i promociju znanstvenih publikacija iz područja povijesti i arheologije.
